Sesuai dengan Peraturan Menteri Pendidikan Nasional RI No. 7 Tahun 2007 tentang Organisasi dan Tatakerja Lembaga Penjaminan Mutu Pendidikan, maka Organisasi LPMP terdiri atas :

1. Kepala
2. Subbagian Umum
3. Seksi Program dan Sistem Informasi
4. Seksi Pemetaan Mutu dan Supervisi
5. Seksi Fasilitasi Sumber Daya Pendidikan, dan
6. Kelompok Jabatan Fungsional